Tout caractère ne figurant pas dans l'alphabet Radix-64 est ignoré dans les données Radix-64. Le programme de décodage doit ignorer tous les retour chariot ou autres caractères non présent dans la table ci-dessus.
Dans des données en Radix-64, tout caractère n'appartenant pas à la table, retour chariot ou autres espacements, indique qu'il y a probablement eu une erreur durant la transmission. Un message d'avertissement ou un rejet du message peuvent donc être appropriés dans certaines circonstances.
Du fait qu'il soit utilisé seulement comme caractère de remplissage à la fin des données, toute apparition du symbole égal peut être considérée comme le signe de la fin des données à traiter (sans découpe durant la transmission). Une telle certitude est cependant impossible lorsque le nombre d'octets transmis est un multiple de trois et qu'aucun signe << = >> n'a été détecté.
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